Mahiyeti itibariyle insanın anlam arayışına bir yanıt teşkil eden ve insana gerek kendisini gerekse varlığı anlamlandırma imkânı sunan dinlerin ortaya koyduğu Tanrı veya Allah anlayışı ise, ne bilimsel bir ispat nesnesi ne de hümanistik düşünce tarzının birtakım kabullerinden ibarettir. Özellikle kitaplı dinlerin telkin ettiği Allah anlayışı, insanın karşılıklı ilişki içerisinde bulunduğu, onu ve tüm varlığı var etmenin ötesinde evrene her an müdahil olan, kişinin, var oluşunun her anında bizzat tecrübe ettiği "aşkın" olduğu kadar insana kendisinden de yakın "içkin" bir varlığa işaret eder. Pascal'ın "filozof ve âlimlerin değil, İbrahim'in, İshak'ın ve Yakub'un Tanrısı" sözüyle işaret ettiği husus da budur.

Tanrı'nın varlığı fikrinin tutarlı olmadığı iddiası karşısında sorulması gereken ilk soru, bilimden veya bilimsel verilerden hareketle Tanrı'nın var olmadığını ispatlama çabasının ne ölçüde tutarlı olduğudur. Bilim, fenomenler âlemini, yani gözlemlenebilir ve deneye tâbi tutulabilir varlık evrenini konu alır. Salt bilimsel verilere dayanarak Tanrı'nın varlığını ispat çabasına girmek isabetli olmadığı kadar, bunun tam aksini yaparak redde çalışmak da yanlıştır. Çünkü bilim özü itibariyle teistik veya ateistik iddialara karşı nötr olmak veya kayıtsız kalmak durumundadır. Çünkü görünür evrenin ötesinde olan "Tanrı" onun söz söyleyebileceği ve birtakım önermeler ortaya koyabileceği alanın dışında kalmaktadır. Dolayısıyla Tanrı'nın var olmadığını ispatlamak için bilimden yararlanmaya çalışmak, onu kendi sınırlarının dışına çıkmaya ve yetki aşımı yapmaya zorlamaktır. Böyle bir çaba, bilimin tanımı ve anlam çerçevesiyle çelişen bir durumdur ve bizatihî bir tutarsızlıktır.

İkinci bir adım olarak yazıda dile getirilen "varlık için bir ilk neden arayışının mantıksal bir zırvalıktan türemesi" iddiasına bakmak uygun olacaktır. Şengör'ün atıfta bulunduğu erken dönem tabiatçı Grek felsefesinin temel karakteristiklerinden birisi varlık için bir temel ilke, neden veya felsefî tabiriyle arkhe arayışıdır. Buna farklı düşünürler tarafından farklı cevaplar verilmiş olmakla birlikte, yazıda zikri geçen Anaksimandros'un "apeiron"u da bu cevaplardan birini teşkil eder. O evrendeki çokluk ve farklılığın sınırlı, nitelik ve nicelik açısından sonlu ve belirli tek bir şey, tek bir töz veya arkhe ile açıklanamayacağı düşüncesinden hareketle sonsuz ve sınırsız dediği apeironu varlık ilkesi olarak koyar. Fakat onun aperionu da maddî bir şeydir, bir arkhedir. Bu arkhenin cisimsel bir temele sahip olmayıp, felsefî anlamdaki madde kavramına bağlı olarak anlaşıldığı göz önünde bulundurulduğunda, aslında çoğu materyalist ve ateistin de bir çırpıda gözden kaçırdığı üzere, ilk çağda zuhur eden materyalist felsefelerin de özü itibariyle idealizmin, dolayısıyla da özcü bir felsefe anlayışının neden arayışının bir parçası olduğu açıktır. Bununla birlikte Anaksimandros'un aperionu, varlıkta gözlemlenen kozmosu, yani düzenliliği temellendirmekte yetersiz görüldüğünden ötürü, daha sonraki düşünürler, gerek evrendeki düzenliliği gerekse çeşitliliği izah etme kaygısıyla çeşitli fail neden arayışlarına yönelmişlerdir. Söz konusu arayışların en tipik örneği, Anaksimandros ve Anaksimenes sonrası doğa filozoflarının, tamamı plüralist materyalist olmalarına rağmen, varlıktaki hareket, çeşitlilik ve düzeni açıklama kaygısıyla Aristoteles'in fail neden diye gönderme yaptığı bir neden arayışına girmeleridir. Bu noktada Anaxagoras'ın "nous"u ve Empedokles'in "sevgi" ve "nefret" kavramları zikredilebilir. Bundan dolayı, gerçekte kendisi insanın varlığı anlamlandırma kaygısının bir ürünü olan felsefî düşüncede eğer bir mantıksal zırvalıktan bahsedilecekse, bu, evren içerisindeki çeşitli varlıkları ve bu varlıklardan oluşan bütünü herhangi bir anlamlandırıcı ve açıklayıcı nedene başvurmaksızın ele almak olacaktır.