Osmanlı Devletinin dağılmasıyla, hatta 1878’den bu yana Balkan Müslümanlarına soykırım, baskı ve tehcir periyodik olarak devam etti. Şu anda bu iş misyoner kuruluşlarına havale edildi. Mesela nüfusunun yüzde 75’i Müslüman olan Arnavutluk toprakları Sırbistan, Yunanistan, Makedonya, Karadağ ve Sancak arasında taksim edildi. Bosna Hersek’te Sırplar ve Hırvatlar Müslüman halka azınlık muamelesi yaparak üzerlerinde hakimiyet kurdular.
Balkanlar’da ikinci sınıf vatandaş muamelesi gören Müslümanlar sürgün, asimilasyon ve dinlerini terk etmeleri için baskılara maruz kaldılar. Yalnız Bosnalı Müslümanlar değil, Bulgaristan, Sırbistan, Karadağ, Yunanistan ve Hırvatistan’da zulme, sürgüne ve katliamlara uğradılar.
İkinci Dünya Savaşından sonra ABD, Balkanlar’ı Sovyetler Birliğine terk etti. Arnavutluk, Yugoslavya, Bulgaristan ve Romanya’da komünist rejim 1945-1990 arasında devam etti. Bu zaman içinde Müslümanların din özgürlüğü, ibadet, dinlerini öğrenme hakları ortadan kaldırıldı.
Varşova Paktı’nın dağılması, soğuk savaşın sona ermesi, Doğu Avrupa’da sosyalist (komünist) rejimlerin çökmesi ve Sovyetler Birliğinin dağılması ile Müslümanlar bir an nefes alsa da, Hıristiyan Batı ve Siyonizm kaynaklı emperyalist güçler Sırp ve Hırvatları kullanarak Müslümanlara soykırım uyguladılar. Emperyalist güçler bir maddelik gizli protokol ile “Balkanlar’da hiçbir ülkede Müslümanlar çoğunluk olmamalıdır” maddesini icra için Miloseviç’i Büyük Sırbistan hayali ile kullandılar. Neticede Yugoslavya parçalandı.
Sırpların Bosna ve ardından Kosova’da akıttıkları kan ve yaptıkları soykırımdan sonra; aynı güçler Bosna’ya 1996 yılında NATO İstikrar Gücü (SFOR) olarak ve 1999 yılında Kosova’da Kosova Barış Gücü olarak uluslararası yönetimin kontrolüne aldılar. Bu güçler beraberinde yüzlerce Hıristiyan misyoner kuruluşunu da getirdi. Müslüman erkekleri alkol ve uyuşturucu bağımlısı yapmak, Müslüman kızları fuhuş bataklığına sürüklemek için haince projeler yaptılar. Çeşitli vaatler, maddi yardımlarla genç nesilleri Hıristiyan yapmak için son derece yıkıcı faaliyetler içindedirler. Geçmişte Hıristiyan ordularının yaptığını şimdi misyoner kuruluşlar çok daha tahripkâr bir şekilde yapmaktadırlar.
Emperyalist güçler Bosna ve Kosova’da Sırp vahşetini yaptırdıktan sonra, geriye ekonomisi ve altyapısı mahvolmuş ve Avrupa’nın en fakir iki ülkesi kaldı. Böylelikle misyonerler için müsait ortam hazırlanmış oldu.