Benim Atatürk filmimin "sinopsis"i şöyle: 1926 Yılı. Reisicumhur M. Kemal Paşa'ya İzmir'de suikast hazırlığı yürüten Ziya Hurşit, İsmail ve Gürcü Yusuf, eylemden sonra kendilerini kayıkla kaçıracak Giritli Şevki'nin ihbarıyla yakayı ele veriyorlar.
Reisicumhur ertesi gün trenle İzmir'e varıyor. Ziya Hurşit, M. Kemal'e yaptıkları planı itiraf ediyor. Aynı gün Başvekil İsmet Paşa'ya tel çeken M. Kemal, kendisinin Ankara'da kalmasını, İstiklâl Mahkemesi'nin İzmir'e gönderilmesini emrediyor. İstiklal Mahkemesi üyeleri (Kel Ali, Kılıç Ali, Necip Ali ve Dr. Reşit Galip), İzmir'e yola çıkmadan Ankara'da, ne kadar TCF milletvekili varsa hepsinin tutuklanmasını istiyor. TCF Genel Başkanı Kazım Karabekir'in de tutuklanması haberi, İsmet Paşa'yı şaşkınlığa uğratıyor ve mecliste yargıçlarla görüşüp Karabekir'in serbest bırakılmasını istiyor. İstiklâl Mahkemesi üyeleri (Aliler divanı), işlerine dışardan müdahale edildiği için (Çünkü bağımsız yargıçlardır!) kızıp, Başvekili de tutuklamak üzerine harekete geçiyorlar. Haberi duyan M. Kemal Paşa, Başvekil İsmet'i alelacele İzmir'e çağırtıyor. Başvekil'e "İstiklal Mahkemesi'nden özür dileyeceksin" diyor. İsmet Paşa mahkeme üyelerinden yazılı olarak özür diliyor ve tutuklanmaktan kurtuluyor. Karabekir, 26 TCF mensubuyla birlikte yeniden yakalanıyor; tutuklananlardan 5'i, hâlen ordudan maaş alan ve general titrini taşıyan Milli Mücadele kahramanı paşalardır.

Duruşmalar İzmir'de, eski Elhamra Sineması salonunda yapılıyor; bu dava iki topluluğu hedef almaktadır: İlki, Halk Fırkası içinde varlığını hâlâ sürdüren ama eski komitacı sâbıkaları sebebiyle kendilerinden şüphe duyulan İttihatçı takımıdır; içlerinden bir kısmı gerçekten suikasta karışmıştır fakat bu vesile ile tamamı "bağımsız yargı"nın karşısına çıkarılıyor ve neredeyse hepsi asılmak suretiyle tasfiyeye uğruyorlar. İkinci topluluk yeni kurulan muhalefet partisi TCF'dir ve İstiklal Mahkemesi üyeleri, çok ilginç bir akıl yürütme biçimiyle TCF kurucularının suikastla bağlantılı olduklarını ileri sürüyorlar; ne var ki iddia doğru değildir ve delillerle desteklenememektedir.

M. Kemal Paşa bu esnada hep İzmir'dedir. Mahkemelere katılmaz ve ilgilenmiyormuş izlenimi vermeye dikkat eder. Duruşmalar devam ederken devrin Genelkurmay başkanı Fevzi Paşa İzmir'e gelir, çünkü Reisicumhur dönemin en sevilen paşalarının yargılanmasının ordu üzerinde nasıl tesir yapacağını merak etmektedir. Paşaların sorgulanması başlar, Karabekir ifadesinde özetle, "Milli Mücadele'nin başlarında M. Kemal Paşa'yı destekledim, fakat sonradan araya dalkavuklar girdi" diye kahırlanır. Bu sözlerin gazetelere aksettiğini duyan M. Kemal Paşa öfkelenip mahkeme üyelerini Çeşme'ye baloya çağırır, fakat "bağımsız!" üyeler dans etmeye zaman bulamazlar. M. Kemal Paşa'dan güzel bir zılgıt dinledikten (!) sonra kimselere görünmeden yan kapılardan binayı terk edip İzmir'e dönerler. M. Kemal suçlanan paşaları kendisinin kurtarmasının iyi bir çözüm olacağına karar vermiştir. İsmet Paşa'yla Fahrettin Altay'ı yanına çağırır, "Ne diyorsunuz, bizim Ali Bey paşaları asacak" diye yoklar; onlar da "Siz her şeyi bizden iyi düşünür ve yaparsınız" cevabı verirler; bunun üzerine Reisicumhur, "Pekala bakalım, Ali Bey'le bir daha görüşelim" der ve Ankara'ya gitmek üzere İzmir'den trenle yola çıkar. Yolda Süleyman Nazif merhumun, "Lübnan Kasrı Sahibesi" isimli eserini okur. İki gün sonra savcı, tamamen tesadüf eseriyle paşaların beraatini, İttihatçıların ise cezalandırılmalarını talep eder. Öyle olur. Hapis cezasına itiraz eden ittihatçılardan Halis Turgut'la İsmail Canbulat, nedense son anda idam edilecekler listesine ekleniverirler!

Bir yıl sonra Reisicumhur, affedilen paşalardan çocukluk arkadaşı Ali Fuat'a yemek masasında herkesin duyacağı bir sesle, "Paşaları senin hatırın için affettirdim" der ve "Son" yazısını görürüz; jenerik başlar.

Bu sinopsiste anlatılan olayların tamamı gerçektir ve yargımız ta o zamanlardan beri bağımsızdır.