İslâm âleminin en önemli sorunlarından biri iç çatışmalardır. Emperyalizmin İslâm âleminin güç birliği oluşturmasını engellemek amacıyla ektiği fitne tohumlarının yol açtığı sorunların birçoğu ne yazık ki hâlâ devam ediyor. Tabii iç çatışmaların ve toplumsal çalkantıların tümü bundan kaynaklanmıyor. Daha başka etkenler ve sebepler de var. Bazı yerlerdeki çatışmalar ve çalkantılar dış güçlerin gerçekleştirdiği işgallerden, bazı yerlerde Müslüman azınlıkların dinî kimliklerinden dolayı yoğun baskılara maruz kalmalarından kaynaklanıyor. Dolayısıyla çatışmaların ve halk ayaklanmalarının tümünü aynı kategoriye sokmamak gerekir. Bazıları da zulme başkaldırı veya gayri meşru işgalin sona erdirilmesi amacına yönelik direniştir.
2009’da yaşanan iç çatışmaların başında Pakistan’ın Svat bölgesinde ordunun yerel Taliban örgütüne yönelik operasyonundan dolayı yaşanan hadiseleri zikretmek gerekir. Pakistan ordusu operasyonu örgütün silahlı gücünü dağıtmak ve bölgede kontrolü ele geçirmek amacıyla gerçekleştirdiğini iddia etti. Fakat yorumcular bu bölgenin Afganistan’daki işgale karşı yürütülen direnişe lojistik destek vermesi sebebiyle operasyonun ABD baskısıyla gerçekleştirildiğini dile getirdiler. Çatışmalar yüz binlerce sivili başka yerlere taşınmaya zorladı. Bu göç ciddi şekilde zarar görmelerine, olumsuz yönde etkilenmelerine yol açtı.
Bir diğer önemli çatışma Nijerya’nın Bauchi şehrinde Boko Haram adlı örgütün bir polis merkezine baskın düzenlemesi üzerine ordunun bu örgütün faal olduğu yerlere yoğun saldırılar başlatmasıyla gerçekleşti. Batılı kaynaklarda Nijerya’nın Taliban’ı olarak nitelendirilen fakat kendine has yapıya ve düşüncelere sahip olan, ülkedeki Batı modeli öğretim sistemine karşı çıkmasından dolayı Boko Haram (öğrenim haram) adı alan örgüte karşı askerî operasyonlarda son derece insafsız davranıldı. Bu yüzden mensuplarından en az bin kişinin saldırılarda öldürüldüğü haberlerde dile getirildi. Operasyonda örgüt tamamen dağıtıldı. Mensuplarından sağ kalanlardan olaylara karıştıkları yahut örgütle irtibatlı oldukları tespit edilenler tutuklandı.
Yemen’de İran’a yakınlığıyla bilinen Husi örgütüyle ordu arasında çatışmalar 2009 Eylül’ünde yeniden patlak verdi. Bu çatışmalarda ordunun hava saldırılarında sivil hedefleri vurması çok sayıda sivilin hayatını kaybetmesine veya zarar görmesine sebep oldu. Kasım ayında Husi örgütü mensuplarının Suud topraklarına girerek bir Suud askerini öldürüp birkaç askeri yaralamaları üzerine olaylara Suudi Arabistan ordusu da karıştı. Suud askerleri Yemen topraklarına girerek Husi hedeflerine yönelik saldırılar gerçekleştirdiler.
2009’da önemli toplumsal çalkantıya sahne olan bir İslâm beldesi de Çin işgali altındaki Doğu Türkistan’dı. Özerk durumdaki Doğu Türkistan’ın başkenti Urumçi’de, işgalci Çin’in yerleştirdiği Hanların 5 Temmuz 2009’da bir fabrikada Uygur işçilere saldırmasına Uygur halkın geniş çaplı tepki göstermesi üzerine Çin işgal yönetimi silahın gücünü kullanarak olayları bastırmaya kalkıştı. Saldırılarda çok sayıda Müslüman öldürüldü. Çin işgal güçleri ayrıca zulme başkaldıran Müslümanlardan binlerce kişiyi tutukladılar. Tutuklanıp mahkemeye sevk edilenlerden 21 kişi yargıda idama mahkûm edildi.
Somali’de önce Etyopya işgal güçlerine ve onlarla işbirliği içindeki yerel bazı siyasi güçlere karşı sürdürülen silahlı mücadele, Cibuti’de yapılan görüşmeler sonrasında imzalanan anlaşmanın bazı direniş grupları tarafından reddedilmesi üzerine iç çatışmaya dönüştü. Çatışmaların bu şekilde yön değiştirmesi ve bir tarafta anlaşmayı kabul eden İslâmî Mahkemeler Yüksek Konseyi’nin diğer tarafta ise bu anlaşmaya karşı çıkan grupların yer aldığı çatışmaların patlak vermesi Cibuti görüşmelerinin ve sonrasındaki anlaşmanın ülkedeki soruna çözüm getirmesini de engelledi. Somali’deki iç çatışmalarda da çok sayıda insan hayatını kaybetti.
Irak’ta işgal güçlerinin cepheden çekilip geri planda kalmasına ve kademeli bir şekilde tamamen çekilme kararı almasına rağmen olaylar durulmadı. Özellikle kalabalıklar arasında gerçekleştirilen bombalama eylemleri çok sayıda insanın ölmesine neden oldu. O yüzden Bağdat 2009’da da güven ve istikrara kavuşamadı.
Sudan’ın sorunlu bölgesi Darfur’da çatışmalar ve gerginlik 2009’da da devam etti. O sebeple evlerini terk eden Darfurluların çoğu geri dönemedi.
İmzalanan anlaşmalara ve bölgenin özerkliğinin onaylanmasına rağmen Filipinler yönetiminin askerî şiddeti kullanmaya devam etmesi sebebiyle Moro’da da 2009 yılı içinde muhtelif çatışmalar yaşandı.